13 lutego w raportach z prowincji Hubei pojawiły się dane, które zmroziły świat. W ciągu jednego dnia Chiny zgłosiły 15 000 nowych przypadków zakażenia koronawirusem SARS-CoV-2 oraz 240 nowych zgonów. Chińskie służby medyczne poinformowały, że zmieniły sposób liczenia i diagnozowania chorych. Zaczęto brać pod uwagę osoby, które mają objawy zakażenia, niekoniecznie potwierdzone testami laboratoryjnymi. Diagnozę wydaje się teraz wykonując tomografię komputerową.
Jednocześnie pojawiły się obawy, czy w takim razie dotychczasowe metody diagnozowania zakażenia nowym koronawirusem przy pomocy testów RT-PCR były miarodajne? A co z przypadkami, gdy nawet sześciokrotne powtórzenie testu dawało wynik negatywny, mimo że ostatecznie choroba się ujawniała?
Na czym polega test RT-PCR?
Test PCR to rodzaj badań DNA opartych na osiągnięciach biologii molekularnej. PCR jest skrótem od angielskiej nazwy polymeraze chain reaction, czyli reakcja łańcuchowej polimerazy. Polega najogólniej rzecz biorąc na powieleniu pobranego materiału genetycznego, a następnie na dokładnym jego przebadaniu. Ta metoda pozwala na wykrycie bezpośrednio obecności patogenu w organizmie pacjenta. W tym celu pobiera się próbki tkanek pacjenta, na przykład wymaz z gardła.
Następnie wyizolowuje się z próbki część DNA i oczyszcza, a potem powiela ten fragment, w którym podejrzewa się nieprawidłowości, takie jak obecność obcego DNA. Przy pomocy odpowiednich starterów i enzymów fragment DNA jest wielokrotnie kopiowany, aż powstanie go na tyle dużo, że można go dokładnie przeanalizować, szukając konkretnej sekwencji genetycznej, anomalii lub wirusa czy bakterii.
Testy PCR służą do diagnozowania infekcji wirusowych, grzybiczych oraz pasożytniczych, a nawet do diagnozowania i monitorowania niektórych nowotworów. Są wykorzystywane w przypadku podejrzenia o zakażenie wirusem HIV, wirusem grypy, a nawet do ustalania ojcostwa. Uważane są za szybkie, solidne, wysoce wiarygodne.
Czy Polska jest gotowa na koronawirusa?
Czy testy RT-PCR mogą być wadliwe? - zastanawiają się eksperci
Na łamach czasopisma "Radiology" pojawił się artykuł prezentujący wyniki eksperymentu, przeprowadzonego przez chińskich badaczy na zlecenie National Natural Science Foundation of China. Naukowcy opisali pięć przypadków, gdy pacjenci mieli negatywne wyniki testów RT-PCR na obecność koronawirusa, mimo że tomografia komputerowa pokazywała ostre zapalenie płuc. Dopiero wielokrotnie powtarzane badania potwierdziły zakażenie wirusem SARS-CoV-2.
Naukowcy stwierdzili, że u pacjentów z wysokim ryzykiem zakażenia oznaki wirusowego zapalenia płuc w obrazie uzyskanym dzięki tomografii komputerowej mogą poprzedzać dodatnie lub ujemne wyniki testu RT-PCR. Dlatego kombinacja powtarzanych testów wymazowych oraz tomografii komputerowej może być pomocna w przypadku diagnozowania osób z wysokim klinicznym podejrzeniem zakażenia, mimo ujemnego badania przesiewowego RT-PCR.
Autorzy badania sugerują ponadto, że fałszywie ujemny wynik testu RT-PCR może być spowodowany niewystarczającą do wykrycia wirusa ilością materiału komórkowego lub też niewłaściwą ekstrakcją kwasu nukleinowego z materiału klinicznego. Test RT-PCR jest czasochłonny, ponadto istnieje obawa, że przy rosnącej gwałtownie liczbie zakażonych może zabraknąć zestawów, dlatego chińscy naukowcy uważają, że tomografia komputerowa będzie pomocna we wczesnym wykrywaniu choroby.
Zdaniem ekspertów z National Center for Immunization and Respiratory Disease (Centra Kontroli Zapobiegania Chorobom) oraz z King's College London, testy RT-PCR mogą dać niejednoznaczne wyniki. Dzieje się tak, gdy w czasie badania pacjenci nie są zarażeni koronawirusem, a mają oznaki typowej dla tej pory roku grypy lub przeziębienia. Wczesne oznaki zakażenia koronawirusem SARS-CoV-2 są dość podobne do objawów zakażenia innymi wirusami oddechowymi. Możliwe, że pacjenci ulegli zakażeniu dopiero później. Możliwe również - mówią eksperci - że zakażenie było na tak wczesnym etapie, że koronawirusów było po prostu zbyt mało, co utrudniło ich wykrycie.
Inny hipotetyczny powód tego, że testy RT-PCR nie wykazały obecności koronawirusa, to błędy przy pobieraniu wymazu z gardła, a także nienależyte przechowywanie próbek lub wadliwa obróbka. Inny problem, to kłopot pozyskaniem próbek, zanim pacjent zacznie kaszleć. Być może pobieranie wymazu z gardła nie jest wtedy efektywne - zastanawiają się eksperci.
