Oznacza to, że komórki śluzówki są wszczepione w różnych miejscach organizmu (np. w jajnikach czy w jamie brzusznej), ale zachowują się tak samo jak w jamie macicy - czyli złuszczają się w cyklu miesięcznym, powodując krwawienie o różnym stopniu nasilenia. Nie ma jednoznacznej odpowiedzi, co jest przyczyną choroby. Według jednej z hipotez czynnikiem sprawczym powstawania endometriozy jest "zarzucanie' krwi miesiączkowej do jamy brzusznej. Jednak nie wszystkie kobiety, u których krew miesiączkowa jest "zarzucana", cierpią na endometriozę. Według innej teorii endometrioza jest skutkiem bliżej nieokreślonych zaburzeń układu odpornościowego.
Komórki śluzówki macicy mogą się wszczepiać na przykład w jajnikach. Wokół jajników powstają wówczas torbiele, w których gromadzi się krew ze złuszczającej się śluzówki. Takie torbiele nazywa się czekoladowymi, ze względu na kolor wypełniającego je płynu. Co miesiąc torbiele stopniowo wzrastają, niszcząc strukturę jajnika. Śluzówka macicy może się też zaszczepić w zagłębieniach odbytu, między macicą a odbytnicą i na więzadłach krzyżowych łączących macicę z kręgosłupem. Czasami komórki śluzówki zagnieżdżają się w środku lub na powierzchni jajowodów, na pęcherzu moczowym, na otrzewnej, między jelitami. Stosunkowo rzadko zdarzają się ogniska śluzówki w płucach. W czasie miesiączki kobieta może wówczas pluć krwią.
Endometrioza może prowadzić do zrostów w obrębie narządu rodnego kobiety. Zrosty jajowodów mogą natomiast spowodować ich niedrożność, a w konsekwencji - bezpłodność kobiety. Także narastanie torbieli wokół jajników może prowadzić do zamknięcia jajowodów i w konsekwencji do niepłodności.
Chorobie nie zawsze towarzyszą dolegliwości. Czasem zmiany chorobowe są duże, ale nie objawiają się bólem. I odwrotnie - przy niewielkich zmianach chorobowych ból bywa bardzo silny. Endometrioza jest podstępną chorobą. Bywa, że zmiany chorobowe są tylko powierzchniowe i lekarz może je zobaczyć na przykład przy zabiegu chirurgicznym. Czasem jednak komórki śluzówki wnikają tak głęboko w tkanki, że są niewidoczne. W takich przypadkach ból jest bardzo silny. Zdarza się też, że komórki te wszczepiają się obok włókien czuciowych, drażnią je i powodują przewlekłe, trudne do zniesienia bóle.
Endometriozę można leczyć chirurgicznie, klasycznymi metodami lub laparoskopowo (wówczas w ciele pacjentki robi się małe nacięcia, przez które operuje się chore miejsca, a cały zabieg jest kontrolowany za pomocą kamery). W czasie zabiegu usuwa się ogniska endometriozy. Jednak operacja nie zawsze jest skuteczna, gdyż komórki śluzówki macicy tkwią głęboko w tkankach, są niewidoczne i nie można ich usunąć.
Endometriozę leczy się również farmakologicznie, czyli podając leki. Terapia polega na zablokowaniu poziomu estrogenów odpowiedzialnych za cykl miesięczny, co z kolei ma zahamować wzrost ognisk endometriozy i wysuszyć je. Pacjentkom z endometriozą lekarz zaleca zwykle albo samo leczenie farmakologiczne, albo zabieg chirurgiczny połączony z przyjmowaniem leków. Leczenie jest zwykle długie, rozciągnięte na wiele cykli miesięcznych i, niestety, nie zawsze skuteczne. W organizmie kobiety mogą bowiem powstawać nowe ogniska endometriozy.
Endometrioza jest jedną z częstszych przyczyn niepłodności. Nie oznacza to jednak, że każda kobieta z endometriozą jest bezpłodna. Zdarza się bowiem, że chirurg odkrywa ogniska choroby u pacjentki podczas cesarskiego cięcia. Kobietom, które chcą mieć dziecko, lekarz może wręcz zalecić zajście w ciążę, gdyż właśnie w czasie ciąży ogniska endometriozy znacznie się zmniejszają lub wręcz mogą zniknąć.
Przy opisywaniu endometriozy lekarze stosują stopniowanie. I tak choroba w początkowym stadium to endometrioza I stopnia, a w zaawansowanym - IV stopnia. Ta klasyfikacja jest jednak krytykowana, gdyż nie opisuje ona głębokości wniknięcia komórek w tkanki. Stopień zaawansowania choroby nie przesądza o tym, że kobieta jest bezpłodna. Np. jeśli endometrioza zaatakowała jelita, a nie ma jej w macicy, to choć lekarz uzna chorobę za zaawansowaną, kobieta nie musi mieć problemów z zajściem w ciążę.
Dane tu przedstawione mają jedynie wartość informacyjną i nie mogą zastąpić indywidualnej porady lekarskiej.