Aby prawidłowo, a przede wszystkim bezpiecznie wykonać badanie amniopunkcji niezbędny jest ultrasonograf. Z pomocą urządzenia możliwe jest wybranie takiego miejsca wkłucia było wystarczająco oddalone od obecnego ułożenia płodu. Kiedy miejsce zostanie już wybrane lekarz wprowadza igłę punkcyjną przez brzuch do jaja płodowego. Ważne jest by tak pobrać próbkę, by do płynu nie dostała się krew.
Badanie trwa kilka minut, nie wymaga specjalnych przygotowań (konieczne jest jedynie całkowite opróżnienie pęcherza) i wykonywane jest w znieczuleniu miejscowym. Jeśli kobieta cierpi na skazę krwotoczną musi poinformować o tym lekarza, to samo tyczy się niepokojących dolegliwości już w czasie samego badania.
Obok podejrzenia konfliktu serologicznego czy chorób genetycznych, amniopunkcja pozwala ocenić stopień rozwoju płodu. To bardzo ważne, jeśli ciąża jest zagrożona i istnieje konieczność wcześniejszego rozwiązania. Takie praktyki stosuje się np. u kobiet z cukrzycą.