Metody histopatologiczne zależne są od sposobu pobierania materiału do badania. Są to: cytologia złuszczeniowa, biopsja aspiracyjna cienkoigłowa (BAC, punkcja), biopsja grubo igłowa (oligobiopsja), biopsja wiertarkowa, biopsja otwarta, biopsja śródoperacyjna, diagnostyczne otwarcie jamy brzusznej, laboratoryjne techniki przygotowania pobranego materiału, preparaty barwione, preparaty mrożone, rozmaz.
Materiał pobrany podczas biopsji umieszcza się w utrwalaczu, następnie przygotowuje do badania histopatologicznego. Wycinek zostaje odwodniony, utwardzony i zalany parafiną. Następnie jest krojony na kilkunastomilimetrowe paseczki, umieszczany na szkiełkach mikroskopowych i barwiony.
Gotowy materiał do badania jest oceniany przez patologa, który opisuje zmiany chorobowe (rozpoznanie histopatologiczne) lub stwierdza ich brak.
Przygotowanie i przebieg badania zależny jest od wyboru metody histopatologicznej.
Celiakia - diagnoza bez biopsji jelita