Pacjenci chorują często na nawracające zapalenia oskrzeli, przewlekłe zapalenia zatok. Czasami występują polipy śluzówki nosa.
Najczęstsze objawy ze strony układu pokarmowego to m.in. objawy nietolerancji pokarmowej czy niedrożność jelit, w odniesieniu do noworodków zwana niedrożnością smółkową, stanowiąca bezwzględne wskazanie do dalszych badań diagnostycznych. Częstym problemem jest niewydolność trzustki i, co się z tym wiąże, zaburzenia trawienia i wchłaniania, tłuszczowe stolce, wzdęcia i zaparcia a czasami także kamica żółciowa. Wielu chorych wykazuje niedobory masy ciała i wzrostu.
"Typowe" dziecko podejrzane o mukowiscydozę, to kaszlące niemowlę oddające luźne tłuszczowe stolce, z opóźnionym przyrostem masy i długości ciała. Taki obraz kliniczny stwierdza się u połowy chorych, natomiast u pozostałych choroba manifestuje się w obrębie jednego narządu lub poprzez rzadziej spotykane objawy, co istotnie utrudnia rozpoznanie i może je znacznie opóźnić.