Jak każdy lek, również czopki stosowane w leczeniu hemoroidów mogą mieć działania niepożądane. Biegunka jest jednak rzadkim powikłaniem ich stosowania i wiąże się niemal wyłącznie ze stosowaniem czopków zawierających dokuzan sodowy. Środek ten zwiększa objętość i zmienia konsystencję mas kałowych, co ma ułatwić defekację, ale w rzadkich przypadkach może powodować biegunkę. W takiej sytuacji najlepiej odstawić lek lub zmienić na inny.