Po iście detektywistycznej pracy amerykański wirusolog, Jessie D. Bloom z Fred Hutchinson Cancer Research Center (Seattle w stanie Waszyngton) odnalazł w sieci pliki z danymi zawierającymi 13 nieznanych wcześniej sekwencji genomu SARS-CoV-2, które rok temu zostały usunięte z naukowej internetowej bazy danych. O swoim odkryciu poinformował na łamach serwisu bioRxiv.org, gdzie artykuł czeka na naukową recenzję.
O pracy badacza pisze dziennik "The New York Times" zastrzegając, że "badanie nie potwierdza, ani nie obala hipotezy, że patogen wyciekł z laboratorium w Wuhan. Rodzi jednak pytanie, dlaczego oryginalne sekwencje zostały usunięte i sugeruje, że może być więcej tego typu rewelacji do odzyskania z najdalszych zakątków internetu".
Te "zaginione" sekwencje zostały umieszczone w sieci ponad rok temu. Pochodzą z ponad 200 próbek, pobranych jeszcze przed oficjalnym ogłoszeniem pandemii COVID-19. Jeśli doniesienia Blooma się potwierdzą, oznacza to, że naukowcy zyskają cenne dane pomocne w badaniach nad pochodzeniem SARS-COV-2.
Czy to protoplasta SARS-CoV-2?
Wirusolog odzyskał usunięte pliki i zrekonstruował częściowe sekwencje 13 wczesnych wirusów epidemicznych. Naukowiec jest zdania, że odnalezione przez niego sekwencje zawierają kluczowe wskazówki na temat tego, w jaki sposób SARS-CoV-2 przeniósł się na człowieka z innego żywiciela, najprawdopodobniej z nietoperza. Oznacza to również, że SARS-CoV-2 krążył długo po Wuhan i mutował, zanim został oficjalnie "zidentyfikowany".
- Analiza filogenetyczna odnalezionych w internecie sekwencji sugeruje, że dane genomowe pochodzące z próbek pozyskanych na rynku owoców morza w Wuhan i będące przedmiotem wspólnego raportu WHO i Chin, nie są w pełni reprezentatywne dla wirusów krążących na początku epidemii. Protoplasta znanego nam SARS-CoV-2 prawdopodobnie miał trzy mutacje, które czynią go bardziej podobnym do koronawirusów bytujących u nietoperzy - pisze autor.
W sieci nic nie ginie
Autorowi odkrycia okoliczności, w których wycofano te dane z bazy danych wydają się podejrzane. - Jest całkiem prawdopodobne, że te sekwencje zostały usunięte, aby ukryć ich istnienie - pisze Bloom.
Zaczęło się od tego, że przeglądając różne publikacje na temat koronawirusa, dostępne w sieci, badacz znalazł artykuł z marca 2020 roku z załącznikiem, który wspominał o 241 sekwencjach genetycznych, opracowanych przez naukowców z Uniwersytetu z Wuhan na wczesnym etapie epidemii. Te dane miały być opublikowane w internetowej bazie o nazwie Sequence Read Archive (STA), zarządzanej przez amerykańską instytucję rządową - National Library of Medicine. Teraz jednak ich tam nie było.
Zaintrygowany badacz wrócił do artykułu źródłowego i poszedł za tropem. W rezultacie natknął się na nazwisko chińskiego naukowca Aisi Fu ze szpitala Renmin w Wuhan. Okazało się, że jest on współautorem pracy opublikowanej online jeszcze w marcu ubiegłego roku, w której opisuje nowo opracowany test na obecność koronawirusa. Chińscy badacze wykorzystali przy tym materiał genetyczny pochodzący z próbek pobranych od pierwszych chorych na COVID-19. Podstawą testu miały być sekwencje genetyczne przesłane w marcu 2020 r. do archiwum STA i upublicznione. W czerwcu wycofano je z internetowej bazy na prośbę autorów. Jednak pliki źródłowe zachowały się w Google Cloud i tam odnalazł je amerykański naukowiec.
Eksperci komentujący to odkrycie uważają, że warto nadal przeszukiwać internet w nadziei na znalezienie tam wczesnych danych na temat koronawirusa, które mogły być usunięte na prośbę chińskiego rządu, albo - po prostu - przeoczone przez społeczność naukowców.
Źródła: The New York Times, bioRxiv.org
