Wirus czy bakteria? Nie trzeba gdybać. Odpowiedzi dostarczą badania molekularne

Znalezienie przyczyny chorób i dolegliwości często wydaje się zadaniem skomplikowanym. Kojarzy się z szeregiem badań, które należy wykonać, długim oczekiwaniem na wynik, a ten może nie przynieść poszukiwanej odpowiedzi. Tymczasem badania molekularne często charakteryzują się prostym sposobem pobrania materiału biologicznego, szybkością uzyskania wyników oraz pozwalają precyzyjnie odpowiedzieć na najważniejsze dla pacjenta pytanie: "Co zaatakowało mój organizm?". Nic dziwnego, że popularność testów wykonywanych metodą Real-Time PCR jako narzędzia diagnostycznego systematycznie rośnie.

Wiele osób o badaniach Real-Time PCR usłyszało po raz pierwszy w kontekście koronawirusa SARS-CoV-2, a przecież badania molekularne w naszym kraju wykonywane są od wielu lat. Pozwalają na wykrycie szerokiego spektrum wirusów, bakterii, grzybów i pasożytów, które zagrażają naszemu zdrowiu i życiu. Jednak dopiero za sprawą pandemii COVID-19 oraz lepszej dostępności  najnowocześniejszych rozwiązań w dziedzinie medycyny laboratoryjnej, diagnostyka wielu chorób staje się szybsza, tańsza i bardziej precyzyjna. 

W bakteriologii wciąż głównym narzędziem diagnostycznym pozostaje tradycyjna hodowla bakteryjna, chociaż eksperci przekonują, że to się wkrótce zmieni. Wprawdzie obecnie tylko ona pozwala na wykonanie antybiogramu, niemniej jednak w diagnostyce i podjęciu właściwego leczenia najbardziej liczy się  czas i pewność uzyskanego wyniku. Tylko szybkie i  trafne  postawienie diagnozy pozwala uporać się z przewlekłą, a nawet ostrą, zagrażającą życiu infekcją, która klasycznymi metodami, w ogóle nie zostałaby wykryta. Stąd, w nowoczesnych laboratoriach, takich jak genXone, bakterie wykrywa się z pomocą techniki multiplex Real-Time PCR.

Bardzo wysoka czułość tej metody pozwala na wykrycie i identyfikację wielu czynników chorobotwórczych nawet przy niskiej intensywności zakażenia, bez konieczności hodowli patogenu. Ma to istotne znaczenie przy identyfikowaniu trudnych czy wręcz niemożliwych w hodowli grzybów i wirusów.

Metoda Real-Time PCR polega na wykrywaniu materiału genetycznego (tj. RNA i/lub DNA) różnych patogenów, czyli mikroorganizmów chorobotwórczych. Real-Time PCR, w przeciwieństwie do tradycyjnych metod hodowli mikrobiologcznych, umożliwia wykrywanie wirusów i ich jednoznaczną identyfikację. Jest więc niezastąpioną metodą diagnozowania chorób powodowanych na przykład przez HBV (wirus zapalenia wątroby typu B), HCV (wirus zapalenia wątroby typu C), HIV (wirus niedoboru odporności), CMV (wirus cytomegalii), czy HSV (wirus opryszczki). Badania molekularne okazały się też nieocenionym narzędziem w identyfikacji infekcji grzybiczych, ponieważ grzyby wolno rosną na podłożach, a z wielu preparatów klinicznych trudno je w ogóle wyhodować.

Gdzie szukać takich badań? Wbrew pozorom bardzo łatwo je znaleźć, gdyż wiele laboratoriów ma je w ofercie. Wystarczy wejść na stronę laboratorium, dodać badanie do koszyka i opłacić zamówienie. W otrzymanym zestawie do samodzielnego pobrania materiału biologicznego znajdują się dalsze, szczegółowe instrukcje, zgodnie z którymi należy postępować. Wynik można otrzymać on-line lub do skrzynki pocztowej. Autoryzowany przez diagnostę wynik badania molekularnego jest istotną podstawą decyzji lekarza przy wdrażaniu leczenia. 

fot. genXonefot. genXone 

Od teorii do praktyki 

Jak to działa w praktyce? Przeanalizujmy to krótko na przykładzie schorzeń, które mogą się przytrafić niemal każdemu. Nawracające infekcje dróg moczowych, ostry nieżyt żołądka, który gnębi całą rodzinę, infekcja dróg oddechowych – w każdym z tych przypadków diagnostyka objawowa może być wspomagana dokładnymi badaniami. Badania molekularne pomogą szybko i precyzyjnie wskazać przyczynę choroby. Co więcej - badania mogą umożliwić identyfikację koinfekcji, czyli takiej sytuacji, gdy infekcję powoduje więcej niż jeden patogen. 

Badania molekularne wykonywane w laboratorium genXone pozwalają m.in. na wykrycie przyczyn ostrych, przewlekłych lub nawracających nieżytów żołądkowo-jelitowych. Zakażenia układu pokarmowego mogą być wywołane przez różne wirusy, bakterie, czy pasożyty. Ich objawy kliniczne są często podobne, dlatego pomocne mogą okazać się badania wykonywane metodą Real-Time PCR z próbek kału. W ramach poszczególnych paneli diagnostycznych możliwe jest zidentyfikowanie łącznie 25 patogenów, które według obecnej wiedzy, najczęściej odpowiadają za infekcje układu trawiennego.

Laboratorium oferuje panel infekcji układu moczowo-płciowego. Umożliwia on rozpoznanie czynnika chorobotwórczego we wczesnej fazie rozwoju infekcji, a także wykrycie wielu zakażeń przenoszonych drogą płciową, które przebiegają bezobjawowo. Jest to niezwykle istotne, ponieważ nieleczone infekcje intymne mogą prowadzić do poważnych powikłań zdrowotnych, w tym niepłodności, czyli czasowych i zazwyczaj odwracalnych problemów z płodnością, których doświadcza  już co piąta para starająca się o dziecko. W tym wypadku badanym materiałem jest wymaz z dróg moczowo-płciowych lub cytologia na podłożu płynnym. W pobraniu materiału do badania konieczna może być pomoc lekarza.

Panel infekcji układu oddechowego, oferowany przez genXone, przede wszystkim ma na celu szybką ocenę, czy drogi oddechowe zostały zainfekowane przez  bakterie czy wirusy. Jeśli wyłączną przyczyną choroby są wirusy, podawanie antybiotyków jest niepotrzebne, bezcelowe a nawet szkodliwe. Laboratorium Diagnostyki Molekularnej genXone wykonuje też testy w kierunku koronawirusa SARS-CoV-2 w ramach współpracy z jednostkami z sektora medycznego. Badanym materiałem jest wymaz z nosogardzieli bądź jednocześnie z nosa i gardła.  

Możliwe jest również wykrywanie patogenów najczęściej odpowiedzialnych za zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, których diagnozowanie zwykle jest szczególnie skomplikowane. Jest to usługa dedykowana szpitalom.

Oferowane przez genXone badania molekularne pozwalają na wykrywanie i identyfikację patogenów najczęściej wywołujących infekcję układu pokarmowego, oddechowego, moczowo-płciowego oraz powodujących zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych. Na podstawie precyzyjnie zidentyfikowanego czynnika chorobotwórczego, lekarz ma szansę na wdrożenie celowanego i skutecznego leczenia przyczynowego. 

Patogeny wykrywane w genXone:  

Infekcje układu pokarmowego 

wirusy:  

  • Adenowirus F (ADV-F) serotypy 40 i 41 - adenowirusy
  • Norowirus GI (NVG 1) oraz Norowirus GII (NVG 2) - norowirusy
  • Rotawirus A (ROV) - rotawirusy
  • Astrowirus (ASV ) - astrowirusy
  • Sapowirus (SV) genogrupy G1, 2, 4, 5 - sapowirusy  

bakterie:  

  • Shigella spp.- czerwonka bakteryjna, szigeloza
  • Escherichia coli - pałeczki okrężnicy
  • Campylobacter spp. - kampylobakterioza
  • Yersinia enterocolitica - jersinioza
  • Vibrio spp.- przecinkowce
  • Clostridium difficile - zakażenie jelitowe wywołane przez Clostridium difficile
  • Aeromonas spp. - zakażenie jelitowe wywołane przez Aeromonas spp.
  • Salmonella spp. - salmonelloza  

endopasożyty jednokomórkowe (pierwotniaki):  

  • Giardia lamblia (ogoniastek jelitowy) - lamblioza
  • Entamoeba histolytica (pełzak czerwony) - pełzakowica
  • Ameboza Cryptosporidium parvum - kryptosporidioza
  • Blastocystis hominis - blastocystoza
  • Dientamoeba fragilis - dientameboza
  • Cyclospora cayetanensis - cyklosporoza  

helminty (robaki pasożytnicze):  

  • Ancylostoma spp. - tęgoryjec z rodzaju Ancylostoma
  • Ascaris spp. - glista z rodzaju Ascaris
  • Enterobius vermicularis - owsik ludzki
  • Enterocytozoon spp./Encephalitozoon spp. - mikrosporydia
  • Hymenolepis spp. - tasiemiec z rodzaju Hymenolepsis
  • Necator americanus - nekator amerykański
  • Strongyloides spp. - węgorek z rodzaju Strongyloides
  • Taenia spp. - tasiemiec z rodzaju Taenia
  • Trichuris trichiura - włosogłówka ludzka  

Infekcje układu oddechowego 

wirusy:  

  • Influenza A - grypa typu A
  • Influenza B - grypa typu B

bakterie:  

  • Mycoplasma pneumoniae - mykoplazma
  • Clamydophila pneumoniae - chlamydia
  • Haemophilus influenzae - pałeczka hemofilna
  • Streptococcus pneumoniae - pneumokok
  • Bordetella pertussis - pałeczka krztuśca  

Układ moczowo-płciowy 

wirusy: 

  • Cytomegalovirus - cytomegalia
  • Herpes simplex virus type 1 (wirus opryszczki pospolitej typu 1) oraz Herpes simplex virus type 2 (wirus opryszczki pospolitej typu 2) - opryszczka narządów płciowych, opryszczkowe zakażenie okolicy odbytowej i moczowo-płciowej
  • Varicella-zoster virus - półpasiec narządów płciowych 

bakterie: 

  • Haemophilus ducreyi (pałeczki wrzodu miękkiego) - wrzód miękki
  • Chlamydiatrachomatis - ziarnica weneryczna
  • Treponema pallidum - kiła 
  • Chlamydia trachomatis - chlamydioza
  • Chlamydia Neisseria gonorrhoeae - rzeżączka
  • Mycoplasma genitalium oraz Mycoplasma hominis - mykoplazma
  • Chlamydia trachomatis lub Ureaplasma urealyticum, bądź Ureaplasma parvum - nierzeżączkowe zapalenie dróg moczowo-płciowych 

inne: 

  • Trichomonas vaginalis - rzęsistek pochwowy 
  • grzyby z rodzaju Candida - kandydoza, drożdżyca