Zgodnie z Przyrzeczeniem Lekarskim (część Kodeksu Etyki Lekarskiej) lekarze i lekarze-dentyści zobowiązują się "sumiennie spełniać swoje obowiązki, służyć życiu i zdrowiu ludzkiemu, według najlepszej swojej wiedzy przeciwdziałać cierpieniu i zapobiegać chorobom, a chorym nieść pomoc bez żadnych różnic, takich jak rasa, religia, narodowość, poglądy polityczne, stan majątkowy i inne, mając na celu wyłącznie ich dobro i okazując im należny szacunek". Jednak w pewnych okolicznościach lekarze mają prawo odmówić świadczenia zdrowotnego. Pozwala im na to tak zwana klauzula sumienia.
Podstawę prawną klauzuli sumienia dla lekarzy stanowi artykuł 39 Ustawy o zawodach lekarza i lekarza dentysty z 5 grudnia 1996 roku. Mówi się w nim, że "lekarz może powstrzymać się od wykonania świadczeń zdrowotnych niezgodnych z jego sumieniem, z zastrzeżeniem art. 30, z tym że ma obowiązek odnotować ten fakt w dokumentacji medycznej. Lekarz wykonujący zawód na podstawie stosunku pracy albo w ramach służby ma także obowiązek uprzedniego powiadomienia na piśmie przełożonego".
Zatem klauzula sumienia to regulacja prawna pozwalająca lekarzowi powstrzymać się od wykonania określonych świadczeń zdrowotnych, jeśli te są niezgodne z jego sumieniem, światopoglądem lub wyznaniem religijnym. Jednakże nie wolno powoływać się na klauzulę sumienia i zaniechać świadczenia zdrowotnego w sytuacji, gdy pacjent znajduje się w sytuacji bezpośredniej utraty życia, ciężkiego uszkodzenia ciała lub ciężkiego rozstroju zdrowia (zgodnie z artykułem 30. Ustawy). Lekarz, odmawiając usługi medycznej w takiej sytuacji, może ponieść odpowiedzialność karną, cywilną lub zawodową.
Lekarz powołujący się na klauzulę sumienia ma obowiązek powiadomić o tym swoich przełożonych w formie pisemnej i to zanim odmówi pacjentowi określonego zabiegu czy leku. Zwykle lekarze składają taką deklarację w momencie podpisywania umowy o pracę.
Drugi obowiązek lekarza odmawiającego świadczenia zdrowotnego z przyczyn światopoglądowych to odnotowanie tego faktu w dokumentacji medycznej pacjenta. Ma to na celu ustalenie, czy jednak nie było zagrożenia dla życia pacjenta lub ryzyka ciężkiego uszkodzenie ciała i ciężki rozstroju zdrowia.
W ostatnich latach w przepisach dotyczących klauzuli sumienia wprowadzono jedną istotną zmianę. Zgodnie z orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego nowelizacją z dnia 8 sierpnia 2020 roku zmieniono brzmienie artykułu 39 Ustawy o zawodach lekarza i lekarza dentysty. Wycofano obowiązek poinformowania pacjenta przez lekarza odmawiającego świadczenia zdrowotnego z powodu konfliktu sumienia, gdzie ten uzyskać pomoc medyczną. Trybunał Konstytucyjny uznał bowiem, że taki obowiązek naruszał wolność sumienia lekarza, ponieważ nawet jeśli sam nie świadczył określonej usługi medycznej to, w sposób pośredni, przyczyniał się do jej wykonania.
Najczęściej z klauzuli sumienia korzystają lekarze odmawiający kobietom przepisania środków antykoncepcyjnych lub wykonania określonych zabiegów, takich jak założenie spirali czy krążka dopochwowego lub też wypisania recepty na tabletkę wczesnoporonną. Na klauzulę sumienia mogą się powołać lekarze odmawiając wykonania zabiegu aborcji.
Klauzula sumienia w formie, która obecnie obowiązuje w naszym kraju, wywołuje sporo kontrowersji. Pojawiają się opinie, że lekarz w gabinecie lekarskim winien jednak zachowywać neutralność światopoglądową. Ponadto pojawia się pytanie, co w takim razie z prawami pacjenta. Czy jeżeli lekarz odmawia wystawienia recepty na pigułkę wczesnoporonną zgwałconej kobiecie nie jest to ograniczeniem jej wolności i praw do decydowania o swoim życiu? To tylko jeden z przykładów, kiedy klauzula sumienia staje w konflikcie z prawami pacjenta do wszystkich dostępnych świadczeń zdrowotnych.
Lekarz nie może nadużywać klauzuli sumienia i odmówić na przykład leczenia osób innej rasy czy innego wyznania lub innej przynależności etnicznej. Ponadto w sytuacji bezpośredniego zagrożenia życia pacjenta lekarz powinien dołożyć wszelkich starań, aby uratować mu życie, niezależnie od własnego światopoglądu. Zatem ma obowiązek wykonać określony zabieg, nawet jeśli jest to niezgodne z jego osobistymi przekonaniami.