Śluzówka zbudowana jest z dwóch warstw, którymi są:
Błona śluzowa pełni nieco różne funkcje w zależności od tego, gdzie jest zlokalizowana. W zależności od lokalizacji śluzówka ma również inną budowę. Błona śluzowa występuje we wszystkich najważniejszych układach w ciele człowieka.
Błona śluzowa układu moczowego: jest ona w dużym stopniu pokryta nabłonkiem przejściowym, który jest wyposażony w tak zwane komórki baldaszkowate. Funkcją śluzówki pokrywającej drogi moczowe jest przede wszystkim ich uszczelnianie. Poza tym, błona śluzowa umożliwia rozciąganie dróg moczowych - przykładowo w pęcherzu w zależności od pojemności jaką zajmuje mocz, śluzówka może tworzyć fałdy lub gładką powierzchnię.
Błona śluzowa układu rozrodczego: jest inna w układzie rozrodczym kobiecym oraz męskim. U mężczyzn układ rozrodczy pokryty jest śluzówką, która pełni funkcje wydzielniczą. Błona ta tworzy w układzie rozrodczym mikrokosmki oraz rzęski, które umożliwiają przesuwanie plemników. Ponadto, w błonie śluzowej produkowane są substancje, które podtrzymują żywotność plemników i dają możliwość ich dojrzewania.
W układzie rozrodczym żeńskim śluzówka pokrywa jajowody oraz macicę. W jajowodzie błona śluzowa tworzy rzęski, które umożliwiają przesuwanie komórek jajowych. Poza tym, podobnie jak w układzie rozrodczym męskim, w śluzówce wytwarzane są substancje podtrzymujące żywotność komórek jajowych. Wyjątkową funkcję spełnia błona śluzowa pokrywająca macicę, czyli endometrium. Ten typ błony jest złożony z dwóch warstw – warstwy podstawowej oraz warstwy czynnościowej. Warstwa czynnościowa ulega zmianom w czasie cyklu menstruacyjnego. Endometrium odbudowuje się w początkowej fazie cyklu i rozpulchnia się, aby przygotować się na przyjęcie komórki jajowej (jeżeli dojdzie do zapłodnienia). Gdy nie dojdzie do zapłodnienia endometrium ulega złuszczeniu.
W układzie rozrodczym żeńskim błona śluzowa pokrywa również ściany szyjki macicy oraz pochwy. W szyjce macicy śluzówka zawiera wiele gruczołów produkujących śluz, natomiast błona śluzowa pokrywająca pochwę pełni przede wszystkim funkcję ochronną.
Błona śluzowa przewodu pokarmowego: występuje praktycznie na każdym odcinku przewodu pokarmowego i pełni w nim różne funkcje.
Błona śluzowa układu oddechowego: pokrywa jamę nosowo-gardłową, krtań, tchawicę oraz oskrzela. W górnych odcinkach układu oddechowego śluzówka zawiera rzęski oraz komórki produkujące śluz i pełni rolę ochronną. Dodatkowo, dzięki śluzówce w jamie nosowej możliwe jest odczuwanie zapachów. Z kolei błona śluzowa, która pokrywa krtań tworzy fałdy głosowe odpowiadające za powstawanie głosu. Śluzówka, która zawiera nabłonek sześcienny bierze natomiast udział w wymianie gazowej.